Управління КЗ “ХСШ №13” ХОР в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
засновник – Харківська обласна рада, Харківська обласна державна адміністрація, Департамент освіти і науки ХОДА;
керівник закладу освіти – директор Галина МИХАЙЛЕНКО;
колегіальний орган управління закладу освіти – Педагогічна рада санаторної школи;
колегіальний орган громадського самоврядування – загальні збори колективу(конференція), батьківський комітет.